Bošnjačka nacionalna manjina u Republici Hrvatskoj za svoja obilježja izabrala je grb i zastavu sa plavim štitom i zlatnim ljiljanima. Isti zastava i grb od 1992. do 1998. godine bili su zvanična obilježja Republike Bosne i Hercegovine, a zastava s ljiljanima u maju 1992. godine zavijorila se ispred zgrade UN-a u New Yorku predstavljajući novu članicu, samostalnu i nezavisnu državu BiH.
Zastava koja je usvojena 4. maja 1992. godine za zastavu Republike BiH zasnivala se na zastavi srednjovjekovne Bosne i bosanske dinastije Kotromanić. Pravougaonog je oblika, bijele boje, sa plavim grbom u obliku štita u sredini, podijeljenim na dva polja srebrenom dijagonalnom gredom sa po tri ljiljana zlatne boje u svakom polju. Ova obilježja bila su simbol srednjovijekovne Bosne i Republike BiH i svih naroda koji žive u njoj.
U Koordinaciji bošnjačke nacionalne manjine u Hrvatskoj kažu da je izbor ovakve zastave i grba bio logičan izbor jer smatraju da su “ljiljani oduvijek bili bošnjački simbol”.
– Išlo nam je na ruku što ta zastava i grb nisu više u službenoj upotrebi u BiH, koja već godinama ima drugu zastavu. Poistovjećivanje Bošnjaka sa bilo kojim drugim simbolom je nelogično. Iskoristili smo našu ustavnu mogućnost da takav grb i zastavu prihvatimo, a jedini uvjet institucija Hrvatske bio je da to znamenje nije u službenoj upotrebi bilo gdje u svijetu. Ovo rješenje je na zadovoljstvo najvećeg dijela bošnjačke manjine u Hrvatskoj prihvaćeno i pozdravljeno – rekao je predsjednik Koordinacije bošnjačke nacionalne manjine u Hrvatskoj Harun Omerbašić.